Kontrola podatkowa kończy się protokołem z kontroli. Zawiera on ustalenia, a często też wnioski, do których doszedł urząd skarbowy. Podatnik ma prawo wniesienia zastrzeżeń do protokołu, w terminie 14 dni od jego doręczenia. Jeśli tego nie zrobi przyjmuje się, że nie wnosi zastrzeżeń do ustaleń kontroli.

W związku z tym nie warto czekać na wydanie decyzji podatkowej, będącej efektem kontroli; a działania obronne należy podjąć, najpóźniej na etapie protokołu kontroli.